SAML設定とSCIM設定は独立した設定のため、互いに影響を及ぼすことはございません。
たとえば、SAML設定には、パスワードログインを無効にする・または有効にする設定がございますが、その設定値の切り替えがSCIMによるプロビジョニング・同期に影響する、といったことはございません。
また、SAML設定でユーザーのログイン方法をSSO（シングルサインオン）にした場合（＝パスワードログインを無効にした場合）に、SCIMによる同期に影響するといったことはございません。
なお、ユーザーの情報を自動的に同期するかどうかに関しては、SCIM設定による設定のみであり、SAML設定によるログイン方法に関する設定は一切影響しません。